Curriculum Vitae
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Humeur du moment
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Pour qu'il y ait le moins de mécontents possibles il faut toujours taper sur les mêmes.
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Expériences
2003/2005: Prestataire chez Facilité Informatique.(en cours).
(Mission chez Aventis Pharma, Vitry sur Seine).
- Developement de logiciels
- Installation et administration de logiciels d’analyse
- Transfert de données biologiques
- Integration relationnelle de données biologiques
- Automatisation de mise à jour de banques
- Réalisation d’interface Web d’interrogation de BDD
- Administration système de BDD
Projets
- Installation/Administration de logiciels d'Analyse
-Blast, Clustalw, Emboss
-Wisconsin Package, Medchem Explorer
-> Administration système (Linux, Windows), Oracle.
- Réalisation d'un outils de mise à jour automatique de banques
-SPTrembl, Derwent, Genbank, Refseq, DBSNP
-Mise à jour automatique via lftp et cron
-> Administration système (crontab), Perl, Csh
- Réalisation d’une BDD d’identifiants de séquences
-Récupération et parsage automatique de banques
-Intégration des données dans un SGBD Oracle.
-> Perl, Awk, Sed, Ksh, Oracle, SQL (Unix)
- Réalisation d’une BDD de kinases
-Récupération et intégration de données de kinases
-Intégration des données dans un SGBD PostgreSQL
-Réalisation d’une interface Web d’Interrogation
-Réalisation d'outils divers de parsing de séquences
-> Perl, BioPerl, Ksh, PostgreSQL, Csh, Apache, Html (Unix)
2003: FreeLance pour une entreprise pharmaceutique.(1 mois).
(Aventis Pharma, Vitry sur Seine).
-Mise à jour de banques génomiques publiques.
-Maintenance du logiciel Wisconsin Package.
-Réalisation de documentation.
2001/2003: Chef de projet au sein de la société Mediagen.(2 ans).
(Société de Service en BioInformatique).
- Développement d’outils et de bases de données.
- Adaptation/Installation d’algorithmes publiques.
- Installation de banques génomiques publiques.
- Rédaction de manuels d’utilisations d’outils/banques.
- Veille technologique d’outils et de banques.
- Support utilisateur pour les outils installés.
Responsabilités
- Responsable plateforme multi-utilisateur (cluster 21 nœuds) :
- Adaptation et installation d’outils publiques d’analyse.
- Installation, maintenance du Wisconsin Package.
- Veille et support utilisateur pour les logiciels installés.
- Mise à jour des banques génomiques.
- Mise en place de plateforme d’analyse :
- Intégration d’outils publiques d’analyse.
- Développement complémentaires et installation.
- Création d'un outil de mise à jour des banques.
- Veille et support pour les logiciels installés.
- Développement de plateforme d’analyse multi-utilisateur :
- Base de données relationnelle flexible.
- Outils d’analyses intégrés (selon les besoins).
- Stockage simplifié des séquences et des résultats.
Compétences Requises
- Informatiques :
- Administration système (Linux, Windows).
- Programmation Perl, Shell Unix, C, PHP, SQL, Java.
- Serveur (Apache, MySQL, Oracle).
- Veille technologique via les sites spécialisés.
- BioInformatiques :
- Banques de données publiques (NCBI, Expasy,etc.).
- Outils d’analyses (Blast, ClustalW, Readseq, etc.).
- Développement dédié (BioPerl, BioJava, etc).
2001: Stage à l'Irisa (Equipe Aïda, Inria Rennes).(6 mois).
Sujet : Conception d’un analyseur syntaxique de séquences protéiques (Java, Perl, Prolog, Shell Unix) dans le cadre de la recherche sur les protéines membranaires (Equipe CRM, Rennes)
2000: Stage à l'Irisa (Equipe Aïda, Inria Rennes).(3 mois).
Sujet : Conception et réalisation d'une base de données protéique (PHP, Perl, HTML, SQL) géree par un site Web.
1998: Stage de recherche à l'Upres-A 6026 (CNRS, Rennes).(2 mois).
Sujet : Recherche de facteurs de maturité ovocytaire dans les cellules du cumulus oophurus humaines.
1998: Stage de recherche au Cecos (Rennes).(2 mois).
Sujet : Etude des techniques de procréation médicalement assistées.
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